Von den 1.414 Personen überlebten 388 Menschen das Unglück; etwa 400 Leichen konnten bis zum 14. Februar 2006 geborgen werden. In der Hafenstadt Safaga warteten verzweifelte Angehörige und es kam zu Tumulten, bei denen am 6. Februar sogar das Büro der Al Salam Maritime Transport Company in Safaga verwüstet wurde.
In einer vom ägyptischen Staatspräsident Mubarak angeordneten Untersuchung wurden einige Tage nach dem Unglück Nachlässigkeit, Gleichgültigkeit und Korruption als Unglücksursachen genannt. Die Black Box des Schiffes wurde am 21. Februar aus 800 Metern Tiefe von britischen und französischen Experten durch einen Tauchroboter geborgen und in Großbritannien ausgewertet. Die ägyptische Regierung machte den Kapitän der Al-Salam Boccaccio 98 für das Unglück verantwortlich, da er – wie die Auswertung ergab – ein Notsignal erst aussendete, als das Schiff bereits sank.