Kleins Falterfisch lebt einzeln, paarweise, meist aber kleinen Schwärmen, junge Fische in Innenriffen, ältere an Außenriffen immer in der Nähe von Korallen. Sie ernähren sich zum großen Teil von Zooplankton. Japanische Wissenschaftler fanden bei Magenuntersuchungen aber auch einen Anteil von 31 % Weichkorallen, 17 % Seeanemonen und 3 % Steinkorallenpolypen.