Der Grüne Stör kommt küstennah im Meer, im Salz- und Brackwasser von Flussmündungen und im Süßwasser der Flussunterläufe vor. Er hält sich mehr im Meer auf als der Weiße Stör (Acipenser transmontanus) und unternimmt dort lange Wanderungen. Große Ansammlungen der Fische findet man zeitweise in der Mündung von Columbia- und Fraser River in Kanada, in Willapa Bay, Grays Harbor im US-Bundesstaat Washington, und in den Mündungen von Eel River, Sacramento River und San Joaquin River in Kalifornien. Er laicht im Süßwasser. Als Laichgebiete sind heute nur noch drei Flüsse in den Vereinigten Staaten bekannt, der Rogue River in Oregon, der Klamath River und der Sacramento River in Kalifornien.
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